Kementerian Kelautan dan Perikanan (KKP) melibatkan pemerintah daerah hingga masyarakat dalam menjaga dan mengawasi kawasan konservasi laut. Upaya ini dilakukan untuk memastikan kawasan yang telah ditetapkan dapat dikelola secara efektif dan fungsi ekologisnya tetap terjaga. Direktur Konservasi Ekosistem KKP Muh. Firdaus Agung mengatakan, pengelolaan kawasan dilakukan sesuai pembagian kewenangan antara pemerintah pusat dan pemerintah daerah melalui unit pengelola kawasan. Pada 2025, sekitar 127 kawasan dinilai melalui Evaluasi Efektivitas Kawasan Konservasi (EVIKA): 115 menjadi kewenangan pemerintah daerah dan 12 dikelola pemerintah pusat. Monitoring dan pengawasan dilakukan bersama instansi terkait, termasuk Pengawas Sumber Daya Kelautan dan Perikanan, pemerintah daerah, serta masyarakat. Kelompok masyarakat yang terlibat antara lain POKMASWAS dan KOMPAK. Di wilayah dengan masyarakat adat dan praktik pengelolaan tradisional, keterlibatan mereka dinilai penting untuk mendukung pengawasan, kepatuhan, pengetahuan lokal, dan pengelolaan yang sesuai karakter wilayah. Pengawasan mencakup pemantauan kondisi habitat, sumber daya ikan, pemanfaatan ruang, serta kepatuhan terhadap aturan zonasi. KKP juga dapat memanfaatkan sistem informasi spasial, AIS/VMS, citra satelit, drone, dan sarana monitoring lain sesuai kebutuhan kawasan. KKP menargetkan kawasan konservasi laut Indonesia mencapai 97,5 juta hektar pada 2045. Hingga 2025, pemerintah menemukan kawasan seluas 30,97 juta hektar di 554 lokasi. Sebanyak 168 kawasan seluas 24,91 juta hektar telah ditetapkan, sedangkan 386 lainnya masih berstatus pencadangan. Dengan demikian, masih ada kekurangan sekitar 66,5 juta hektar untuk mencapai target. Menteri KKP Wahyu Sakti Trenggono mengatakan penetapan kawasan memerlukan pencarian ruang konservasi yang tepat karena karakter ekosistem laut berbeda dengan daratan.